Développement de méthodes de préparation d'échantillons et d'analyse LC-MS/MS pour l'étude de protéomes de cellules uniques
Developpement of sample preparaton and LC- MS/MS methods for single cell proteomics analysis
Spectrométrie de masse
Protéomique unicellulaire
Nano LC-MS/MS
Acquisiton indépendante des données-accumulaton parallèle et fragmentaton en série (DIA-PASEF)
Mass spectrometry
Single-cell proteomics
Nano LC-MS/MS
Data independent acquisiton-parallel accumulaton and serial fragmentaton (DIA-PASEF)
543
572.8
Spectrométrie de masse
Protéomique
Biologie moléculaire
La spectrométrie de masse est une méthode de choix pour analyser le protéome, permettant d’identifier et de quantifier à haute résolution les protéines d’un mélange complexe. Les avancées récentes rendent désormais envisageable l’étude du protéome à l’échelle unicellulaire (scP), offrant une compréhension fine de l’hétérogénéité cellulaire, jusqu’alors masquée par l’approche en bulk.Toutefois, son application reste limitée en raison des défis liés aux quantités infimes de protéines disponibles par cellule unique (80-400pg). Dans ce contexte, cette thèse s’est consacrée au développement de méthodes de préparation d’échantillon et d’analyse nano LC-MS/MS dédiée à la scP. Ces optimisations ont ensuite été appliquées à des modèles biologiques, notamment dans le cadre de l’étude de l’hétérogénéité cellulaire lors d’une infection virale et le sous-typage de cellules immunitaires.
Mass spectrometry is a method of choice for analyzing the proteome, enabling high-resoluton identfcaton and quantfcaton of proteins in a complex mixture. Recent advances now make it possible to study the proteome at the single-cell level (scP), providing a detailed understanding of cellular heterogeneity, which was previously masked by the bulk approach. However, its applicaton remains limited due to challenges related to the tny amounts of protein available per single cell(80-400 pg). In this context, this thesis work focused on the development of sample preparaton and nano LC-MS/MS analysis methods dedicated to scP. These optmizatons were then applied to biological models, partcularly in the study of cellular heterogeneity during viral infecton and the subtyping of immune cells.
Electronic Thesis or Dissertation
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14627208
https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2025/Perdu-Alloy_Pauline_2025_ED222.pdf
https://theses.fr/2025STRAF078/abes
Perdu-Alloy
Pauline
1995-03-06
FR
297638483
1506025411T
21303102
4200003
https://theses.fr/2025STRAF078
2025STRAF078
https://doi.org/10.70675/0f78650bzbddez49a7z9fc8za5ade2dab369
2025-12-05
Chimie analytique
Strasbourg
131056549
Doctorat
Docteur es
non
oui
Carapito
Christine
MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1
135428866
François
Yannis
MADS_PRESIDENT_DU_JURY
116029684
Gaudin
Raphaël
MADS_MEMBRE_DU_JURY_1
16128857X
Guerrera
Chiara
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200820249
Schiltz
Odile
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155601970
École doctorale des Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....)
MADS_ECOLE_DOCTORALE_1
222
156504081
Institut pluridisciplinaire Hubert Curien (Strasbourg ; 2006-....)
MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1
93777
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Carapito
Christine
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Odile
École doctorale des Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....)
Institut pluridisciplinaire Hubert Curien (Strasbourg ; 2006-....)
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confidentialité 2025-12-05 2026-12-31
confidentialité 2025-12-05 2026-12-31
restriction 2025-12-05 2026-09-01
confidentialité 2025-12-05 2026-12-31
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