L’analyse spectrale est l’une des branches principales du traitement du signal. De nombreux appareils expérimentaux produisent des signaux qui sont des sommes de sinus amorties. Avec perfectionnements de ces appareils, le volume de données qu’ils produisent ne cesse de grandir. Dans cette thèse, nous concentrerons sur des données issues d’un spectromètre de masse à résonance cyclonique ionique transformée de Fourier (FT-ICR) et des données simulées. Notre contribution consiste à explorer l'apport des méthodes évolutives pour surmonter les limitations de la méthode de la transformée de Fourier (FT). Nous avons effectué une étude comparative des méthodes par FT et évolution artificielle. Les résultats obtenus avec SINUS-IT sont de meilleure qualité que ceux de FT, sans nécessité de débruitage ou apodisation. SINUS-IT a pu déterminer le paramètre de phase avec une bonne précision et les résultats ont été obtenus en utilisant moins d'échantillons, ce qui réduirait le temps d'acquisition.

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One of the main branches of signal processing is spectral analysis. Many experimental devices produce signals which are sums of damped sines. But with advancements in these devices, the volume of data they generate continues to grow. In this thesis, we focus on data from Fourier Transform Ion Cyclotron Resonance Mass Spectrometer (FT-ICR) and also on a simulated data. Our contribution consists in exploring the contribution of evolutionary methods to overcome the limitations of the Fourier Transform (FT) method. We carried out a comparative study of the methods by FT and by artificial evolution. The results obtained with SINUS-IT are of better quality than those of FT, without requiring denoising or apodization. SINUS-IT was able to determine phase parameter with good precision and results were obtained using less number of samples which would decrease the acquisition time.

La polyploïdie est répandue dans le monde vivant mais reste peu explorée. Nous avons développé nPhase, une méthode de phasage ploïdie agnostique basée sur l'alignement que nous avons ensuite appliqué à deux populations de levures. Saccharomyces cerevisiae est une levure utilisée pour brasser de la bière depuis des milliers d'années. Ces levures de bière sont polyphylétiques, avec différentes sous-populations domestiquées de ploïdie et de diversité génétique variables. Nous avons séquencé et phasé 35 souches de bière et identifié trois sous-populations principales. Brettanomyces bruxellensis est une levure permettant de brasser des bières belges de spécialité, le kombucha et est un contaminant du vin. Nous avons séquencé et phasé 71 souches et identifié plusieurs trajectoires de polyploïdisation distinctes et indépendantes, mettant en évidence des événements d'auto- et d'allo-polyploïdisation. Nos travaux ont permis de mieux étudier ces populations polyploïdes.

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Polyploidy is observed across life. While genome sequencing and assembly are now routine, polyploids are still unexplored. We developed nPhase, a ploidy agnostic, alignment-based phasing method, opening the door to population genomics and hybrid studies of polyploids. We then applied it to two yeast populations. Saccharomyces cerevisiae has been used to brew beer for thousands of years. Beer yeasts are polyphyletic, with different domesticated subpopulations of high ploidy and genetic diversity. We sequenced and phased 35 beer strains and identified three main subpopulations derived from different admixtures between populations. Brettanomyces bruxellensis is used to brew specialty Belgian beers, kombucha and is a notorious contaminant of wine. We sequenced and phased 71 strains and identified several distinct, independent polyploidization trajectories, highlighting auto- and allo-polyploidization events. Our work has driven insight into the complexity of polyploid populations.

La réponse immunitaire innée, la première ligne de défense contre les infections, est conservée à travers les métazoaires. En revanche, une dérégulation de celle-ci entraîne une inflammation chronique délétère. Mon travail de doctorat consistait en l’étude de la régulation des voies NF-kB, une voie majeure de l’inflammation. En utilisant le modèle Drosophila melanogaster, j’ai étudié la régulation des voies NF-kB à différents niveaux. Un objectif majeur de ma thèse a été d’explorer le rôle des longs ARN non-codants dans la régulation des voies NF-kB, alors que d’autres aspects de ma thèse ont été d’explorer leur régulation par des ubiquitine-ligases, des micro ARNs, des phosphatases ou des modulateurs épigénétiques. J’ai utilisé différents outils expérimentaux tels que le système CRISPR Cas9 pour évaluer la fonction de gènes candidats. Nous pensons que ce travail pourrait ouvrir la voie à de nouvelles cibles thérapeutiques pour le traitement de maladies liées au système immunitaire.

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The innate immune system is well conserved across metazoan species, enabling them to fight off invading microbes. However, aberrant activation of innate immune responses causes deleterious chronic inflammation. The core of my PhD work was to study the fine-tuned regulation of the NF-kB pathway, one of the major pathways controlling inflammation. Using the model organism Drosophila melanogaster, I studied the regulation of NF-kB pathways at various levels. One focus of my PhD has been to uncover the role of long non-coding RNAs in the regulation of NF-kB pathways, while other aspects of my thesis revolved around the exploration of NF-kB pathway regulation by E3 Ubiquitin ligases, micro RNAs, phosphatases, or epigenetic regulators. I used several experimental tools including genetic tools such as the CRISPR Cas9 system to explore the function of candidate genes. We believe that this work could lead to potential therapeutic targets for the treatment of immune-related diseases.

Les modifications post-transcriptionnelles des ARN sont impliquées dans de nombreux processus biologiques. Elles sont constitutives ou modulées en réponse à des processus adaptatifs et remplissent de nombreuses fonctions. La cartographie des modifications dans les ARN du pathogène S. aureus, responsable d’un grand nombre d’infections de gravité variable et touchant un large éventail de tissus, reste encore peu connue ainsi que leurs implications dans l’adaptation de la bactérie à son environnement, notamment lors de l’infection. Cette étude a pour but principal dans un premier temps d’établir une cartographie des modifications présentes dans les ARN non codants, plus spécifiquement dans les ARNt de S. aureus puis de révéler la dynamique des modifications en adaptation à différentes conditions environnementales rencontrées par la bactérie lors de l’infection. Enfin, l’étude des causes ainsi que des conséquences traductionnelles des changements observés pourra être réalisée afin de déterminer le potentiel rôle des modifications post-transcriptionnelles dans l’adaptation aux stress.

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RNA post-transcriptionnal modifications are involved in numerous biological processes. They are constitutive or modulated in response to adaptive processes and play multiple functions. The mapping of RNA modifications on the pathogen S. aureus, responsible for several infections of variable severity and targeting several tissues, is still poorly known, as well as their involvement in the host adaptation processes.This study aims to produce a first map of modifications that are present on S. aureus non coding RNAs, especially S.aureus tRNA and to reveal the dynamics of some of these modifications in a stress condition encountered during the infection. Finally, the mechanisms promoting different modification levels and the impact that these variations might have on the translation processes could be studied.

La thèse s'inspire de l'ambition de comparer les jurisprudences respectives de la CJUE et de la Cour EDH relatives aux droits procéduraux des contribuables. Ces deux juridictions ont fait face à la même difficulté de garantir les droits des contribuables lorsque ni les traités constitutifs de l’UE, ni la Convention EDH ne comportent de stipulations à vocation purement fiscale. Toutefois, malgré ce mutisme apparent, la Convention et le droit de l’UE sont de nos jours des sources fondamentales dans le domaine fiscal. A l’image de la CJUE qui s’est servie des stipulations des traités relatives aux libertés de circulation pour contraindre les États à une « harmonisation par le bas » de la fiscalité directe, la Cour EDH a déployé une jurisprudence constructive permettant de donner une perspective fiscale à des stipulations dont ce n’était pas l’objectif premier. La thèse s'intéresse aux apports respectifs des deux juridictions en matière de garanties procédurales des contribuables et vise à rechercher l’existence d’un corpus commun : tous les stades du processus fiscal se voient ainsi abordés, que ce soit au niveau de l’assiette, de la liquidation et du recouvrement de l’impôt mais aussi et surtout au niveau du contrôle et des éventuelles sanctions. La thèse dépasse ensuite le cadre initial afin d’analyser quels instruments juridiques et quels raisonnements les juges de Luxembourg et de Strasbourg ont utilisés pour construire des véritables garanties procédurales des contribuables.

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The thesis is inspired by the ambition to compare the CJEU's and ECHR’s respective jurisprudences treating issues on taxpayers’ procedural rights. The both Courts faced the same difficulty to guarantee the taxpayers’ rights while neither the EU Founding Treaties, nor the European Convention on Human Rights include stipulations with sheer fiscal purpose. However, despite this apparent mutism, the Convention and the EU law turn out today to be fundamental sources on the field of taxation. Just like the CJEU who impelled the member states to a direct taxation “downward harmonization”, the European Court of Human Rights produced a constructive jurisprudence, which disclosed a fiscal perspective over stipulations that have not been conceived originally under such conception. The thesis aims at the respective contributions the both jurisdictions have delivered in the field of taxpayers’ procedural rights and at researching over the existence of a common corpus : all the taxation phases are thus addressed, regardless of whether it is in the stage of tax base assessment, tax liquidation or tax collection, but as well and mostly so regarding the oversight and the prospective sanctions that could result from. The thesis overpasses afterwards its initial scope in order to examine the jural tools and reasoning the justices in both Luxembourg and Strasbourg have put in place in order to give rise to taxpayers’ real procedural rights.

Cette thèse vise à démontrer que l’historicité est la clé de lecture fondamentale qui articule la pensée de Lacoue-Labarthe. Pour atteindre ce but elle vise d’abord à mettre en évidence la spécificité du geste déconstructif de Lacoue-Labarthe qui focalise la notion de mimesis et en fait un motif transversal pour repenser tout l’histoire de la métaphysique. Si la philosophie s’est imposée comme un véritable discours capable de promouvoir une identité linguistique, c’est-à-dire une pure présentation, la réflexion de Lacoue-Labarthe sur la mimesis lui permet de désarticuler cette prétention à l’identité, en s’opposant à toute présentation présumé « originaire » et de valoriser plutôt le travail matériel de la représentation. En analysant différentes manières de comprendre l’historicité, et notamment le développement heideggérien, vu sous l’angle problématique qui s’ouvre chez Hölderlin et Rousseau, le penseur français souligne l’implication tragique de la réflexion métaphysique et promut une compréhension capable de prendre en charge ses rechutes idéologiques.

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This thesis aims to demonstrate that historicity is the fundamental reading key that articulates Lacoue-Labarthe’s thought. In order to achieve this objective, it first aims to highlight the specificity of Lacoue-Labarthe’s deconstructive gesture, which focuses on the notion of mimesis and makes it a transversal motif for rethinking the whole history of metaphysics. If Philosophy ha imposed itself as a real discourse capable of promoting a linguistic identity, i.e., a pure presentation, Lacoue-Labarthe’s reflection on mimesis allows him to disarticulate this claim to identity. He opposes any presumed « original » presentation and instead values the material work of presentation. At analysing different ways of understanding historicity, and in particular, he Heideggerian development, seen from the problematic angle that opens up in Holderlin an Rousseau, the French thinker underlines the tragic implication of metaphysical reflection and promotes an understanding capable of taking on its ideological relapses.

Nous étudions différentes normes sur le groupe des contactomorphismes d’une variété de contact. Pour tout entier n plus grand que 1, grâce à la technique des fonctions génératrices, nous caractérisons certaines géodésiques du groupe des contactomorphismes à support compact de R^2n x S^1 que l’on munit de sa structure de contact standard. Nous calculons explicitement la norme d’une grande famille de contactomorphismes du cotangent unitaire du tore en utilisant un théorème d’intersections de lagrangiennes exactes du cotangent avec la section nulle. Enfin nous étudions la distribution caractéristique des hypersurfaces contenues dans la contactisation d’une variété symplectique exacte. Cela nous permet de définir un ensemble de valeurs pour les ouverts de la variété de contact considérée. Cet ensemble de valeurs contient des invariants de contact et généralise la notion du spectre d’un ouvert d’une variété symplectique exacte.

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We study different norms on the group of contactomorphisms of a contact manifold. For every integers n greater than 0, using generating function techniques, we characterise some geodesics of the group of compactly supported contactomorphisms of R2n x S^1 endowed with its standard contact structure. We compute explicitely the norm of a big family of contactomorphisms of the unitary cotangent of the torus using a theorem of  intersections between exact Lagrangians with the 0-section inside the cotangent. Finally we study the characteristic distribution on hypersurfaces lying inside the contactification of an exact symplectic manifold. It allows us to define a new set of values for open domains of the contact manifold considered. This set of values contains contact invariants and generalise the notion of the spectrum of an open domain in an exact symplectic manifold.

La maladie de Huntington (MH) est une maladie neurodégénérative progressive. Elle est due à une expansion anormale des répétitions CAG au niveau du gène codant pour la protéine Huntingtine (HTT). Les neurones du striatum sont affectés par la toxicité de la mutation. La MH est caractérisée par des symptômes moteurs, cognitifs et psychiatriques. Des études du laboratoire ont montré que les gènes qui définissent l’identité striatale et les gènes impliqués dans les mécanismes de plasticité neuronale sont sous-régulés chez les patients et les modèles murins de la MH. Le mécanisme de dérégulation transcriptionnelle pourrait impliquer le facteur de transcription Serum Response Factor (SRF), favorisant la plasticité synaptique et les processus de mémoire. L'objectif de mes travaux de thèse a été de caractériser la régulation de SRF dans le contexte de la MH et d'évaluer son rôle dans la pathogenèse. L’analyse de SRF au niveau transcriptionnel et/ou protéique montre en effet qu’il est sous-régulé de façon précoce dans le striatum de souris modèles de la MH. Pour établir un éventuel lien de causalité entre la sous-regulation de SRF dans le striatum et les phénotypes Huntington, nous avons utilisé une approche virale basée sur un AAV pour sur-exprimer SRF dans le striatum des souris transgéniques R6/1, modèles de la MH. En utilisant différents tests comportementaux, nous avons montré que la surexpression de la forme complète de SRF dans le striatum des souris transgéniques entraîne une aggravation des symptômes moteurs. De plus, les analyses histologiques et moléculaires (q-RT-PCR, RNAseq et Western-blot) ne montrent aucun sauvetage des cibles de SRF dans le striatum des souris R6/1, malgré sa surexpression élevée. Nos résultats suggèrent que la régulation striatale de SRF et de ses gènes cibles est altérée par la HTT mutée. Nous avons alors surexprimé une construction consistant en la fusion du domaine de liaison de SRF avec le domaine de transactivation de VP16 (SRF-VP16) dans le striatum des souris R6/1. Nos données indiquent que bien que les gènes de plasticité sont sur-régulés par cette construction, le phénotype comportemental des souris R6/1 n’est pas amélioré, probablement du fait de l’absence d’effet majeur de SRF-VP16 sur les gènes de l’identité striatale. Cela pourrait suggérer que la restauration du niveau de SRF dans la MH n'est pas suffisante pour sauver de manière significative la pathogenèse de la MH.

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Huntington's Huntington's disease (HD) is a progressive neurodegenerative disease. It is caused by an abnormal expansion of CAG repeats in the gene coding for the Huntingtin protein (HTT). Neurons in the striatum are affected by the toxicity of the mutation. HD is characterized by motor, cognitive and psychiatric symptoms. Studies in the lab have shown that the genes that define striatal identity and the genes involved in the mechanisms of neuronal plasticity are down-regulated in patients and mouse models of HD. The mechanism of transcriptional deregulation could involve the transcription factor Serum Response Factor (SRF), promoting synaptic plasticity and memory processes. The objective of my thesis work was to characterize the regulation of SRF in the context of HD and to evaluate its role in pathogenesis. Indeed, the analysis of SRF at the transcriptional and/or protein level shows that it is down-regulated at an early stage in the striatum of mouse models of HD. To establish a possible causal link between SRF down-regulation in the striatum and Huntington's phenotypes, we used an AAV-based viral approach to over-express SRF in the striatum of R6/1 transgenic mouse, a model of HD. Using different behavioral tests, we showed that overexpression of the full length of SRF in the striatum of transgenic mice leads to an aggravation of motor symptoms. Moreover, histological and molecular analyses (q-RT-PCR, RNAseq and Western-blot) showed no rescue of SRF targets in the striatum of R6/1 mice, despite its high overexpression. Our results suggest that the striatal regulation of SRF and its target genes is altered by mutated HTT. We then overexpressed a construct consisting of the fusion of the SRF binding domain with the VP16 transactivation domain (SRF-VP16) in the striatum of R6/1 mice. Our data indicate that although neuronal plasticity genes are up-regulated by this construct, the behavioral phenotype of R6/1 mice is not improved, probably due to the absence of a major effect of SRF-VP16 on the striatal identity genes. This could suggest that restoring the level of SRF in the HD is not sufficient to significantly rescue HD pathogenesis.

Cette étude vise à lever certains verrous scientifiques afin de rendre possible l’utilisation des déchets de polyéthylène téréphtalate (PET) intissé pour élaborer de nouveaux mortiers ou bétons et d’étudier leurs effets sur les propriétés à l’état frais, propriétés physiques, propriétés mécaniques, propriétés acoustiques, propriétés thermiques et microstructurales des matériaux cimentaires. Le PET intissé a été utilisé en faisant varier le type d’incorporation : a) comme une couche et b) sous forme de pièces découpées. Dans le cadre d’utilisation en tant qu’une couche, 5 différentes configurations ont été réalisées : 1 couche, 2 couches, 2 faces, 3 faces et enveloppement complet pour renforcer des échantillons. De plus, sous forme de morceau avec une dimension de (10×10) mm, trois différents taux d'incorporation de 0,25 %, 0,50 % et 0,75 % ont été incorporés dans le mortier/béton. Enfin, le phénomène d’adhésion entre intissé et matériaux cimentaire a été également analysé. Les résultats expérimentaux obtenus dans cadre de ce travail permettent la mise en évidence de l’incorporation des déchets de polyéthylène téréphtalate (PET) intissé dans les matériaux cimentaires. Utilisation d’intissé comme une couche présente une amélioration significative des propriétés mécaniques avec un comportement ductile sous une sollicitation mécanique. Par contre, ces propriétés diminuent en incorporant l’intissé sous une forme de morceau. Indépendamment de type d’usage d’intissé, les propriétés de transferts : acoustique et thermique des matériaux cimentaires améliorent. De plus, les résultats d’adhésion montrent qu’une bonne adhésion a été enregistrée entre l’intissé et le mortier. Par ailleurs, les analyses microscopiques (interférométrie, optique, électronique) montrent qu’une couche d’environ 0,6 mm d’intissé reste sur la surface de l’éprouvette après le test d’arrachage, ce qui démontre une très bonne adhésion. Les résultats soulignent que l’augmentation du rapport E/C et la diminution de superplastifiant permettent une amélioration de l'adhésion. Enfin, l’utilisation de ce gendre des déchets (PET intissé) peut-être recommandé comme une couche pour l’amélioration des propriétés mécaniques et des transferts.

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This study intends to investigate the effect of non-woven polyethylene terephthalate (PET) waste plastic tissue on the fresh, physical, mechanical, acoustic, thermal, and microstructural behaviors of mortar and concrete. Including reference specimens, non-woven fabrics were considered in two ways: a) as a layer with 5 various configurations of 1-Layer, 2-Layers, 2-Sides, 3-Sides, and full wrapping to strengthen specimens, and b) as cut pieces (10×10) mm with four different incorporated ratios of 0%, 0.25%, 0.50%, and 0.75%. Lastly, the bond properties between non-woven sheets and cementitious materials were investigated as well. The results indicate that the mechanical properties (compressive, split tensile, and flexural strengths) were remarkably improved while applying non-woven sheets as a layer. Even though SEM analysis observed excellent distribution of cut pieces and good bonding between cementitious materials and PET fabrics, but mechanical properties were decreased with the incorporation of non-woven tissue as cut pieces. Moreover, the control specimens showed brittle behaviors and were damaged to many fragments after mechanical testing. While samples strengthened or containing cut pieces of non-woven tissue had improved ductility, were maintained together, and not separated into many small parts. On the other hand, the incorporation of cut pieces of non-woven sheets resulted in the reduction of workability, fresh and dry densities and these reductions were more significant for higher percentages. Additionally, the porosity and water absorption were enhanced with the incorporation of cut pieces and increased further for higher volume fractions of cut pieces. Also, the attachment of non-woven tissue as a layer to strengthened concrete samples or incorporation of cut pieces in concrete mixtures resulted in remarkable improvements in acoustic and thermal properties. Furthermore, it was found that non-woven tissue has a very good bond with cementitious materials without using any adhesive materials. However, the bond behaviors enhanced with the increase of w/c ratio and reduction of superplasticizer content. This is because of the microstructure of non-woven sheet that is made of hairlines microfilaments that interacted inside the cement paste after mortar casting. This phenomenon was verified by interferometry and microscopic analysis as well. Finally, the correlations between different properties of concrete have plotted between each other, the trend of lines and R2 coefficient clearly prove the excellent accuracies. It means that certain properties of such type of concrete could be predicted from other already known behaviors. In addition, the current research data was checked by previously developed models and shows great accuracy as well.

On étudie le comportement thermomécanique de colis de déchets vitrifiés par modélisation multi- physiques. Les colis sont réalisés avec un conteneur en acier inoxydable dans lequel est coulé un verre borosilicaté. Pour le verre, la méthode des éléments finis est employée pour les calculs thermiques, la relaxation structurale du volume massique, le comportement viscoélastique et l’endommagement. Ces lois consécutives modélisent l’influence de la sollicitation thermique initiale. La relaxation structurale du verre, issue du modèle TNM-KAHR, permet la prise en compte d’effets fondamentaux quant à la transition vitreuse, en fonction des traitements thermiques expérimentaux et simulés. Lorsque le verre dépasse localement une criticité du champ de contrainte, on procède au couplage du calcul de structure viscoélastique, pour le verre solide en relaxation,avec la mécanique de l’endommagement qui réactualise la rigidité et les contraintes en mode I et en mode II. On applique cette méthodologie complète de simulation à l’issue des adaptations nécessaires au cas de blocs de verre massifs en solidification. Ces modèles permettent alors l’obtention de surfaces de fracturation quantifiées, dans le verre, à partir de l’énergie dissipée par le modèle d’endommagement.

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We study the thermomechanical behavior of vitrified waste packages by multiphysics modeling. The packages are manufactured by the cast of borosilicate glass into stainless steel canisters. The finite element method is used for the thermal computations.In the glass, the finite element analysis is also used to compute the specific volume evolution and the viscoelastic behavior, due to the structural relaxation of glass, as well as the simulation of the damage behavior. These consecutive behavior laws model theinfluence of the initial thermal response. Glass structural relaxation is computed using the TNM-KAHRmodel, which allows us to take into account fundamental phenomena of the glass transition, depending on the results of experimental and simulated thermal treatments. For the solid glass within this relaxation process, the stress may locally increase beyond critical values. The viscoelastic structure simulation is then coupled with continuum damage mechanics where stresses and stiffness are updated in mode I and mode II. We apply this simulation protocol after adopting conditions relative to the case of these manufactured bulky solidifying glass casts. The models then allow us to quantify the cracking surfaces inside the glass fromthe energy dissipated within the damagemodel.